Pahenevan ekologisen kriisin vuoksi Pyhtään lintuhoitolan työllä on entistä suurempi luonnonsuojelullinen merkitys. Sen toiminta edesauttaa lintulajien suojelua ja biologisen monimuotoisuuden säilymistä. Lintuhoitola on vuosien saatossa osoittanut, että vahingoittuneita lintuja pystytään onnistuneesti auttamaan, mikä näkyy korkeana vapautusasteena.

Autettavien lintujen joukossa on usein lajeja, joiden kannat ovat luonnossa huolestuttavasti vähentyneet. Lintulajien heikkenevä tilanne tulee selvästi esille lajien uhanalaisuusarviossa, joka on tärkeimpiä luonnon tilan mittareita. Punaisen kirjan lintulajien määrä on ollut jokaisessa uhanalaisuusarviossa edellistä suurempi, mikä tarkoittaa, että yhä useampi laji on uhanalainen tai silmälläpidettävä. Viimeisimmän arvion mukaan jopa 35 prosenttia lintulajeista on luokiteltu uhanalaisiksi. Erityisen heikosti menee vesilinnuilla ja kahlaajilla. Lintuvesien lajeista yli 60 prosenttia on punaisella listalla. Etenkin monen vesilinnun kannankehitys on Suomessa erittäin huolestuttava ja noin puolet lajeista on todettu uhanalaisiksi.[4] Tilannetta pahentaa se, että uhanalaisten vesilintujen joukossa on myös edelleen metsästettäviä riistalintuja. Joidenkin riistavesilintujen tilanne on hälyttävä ja esimerkiksi nokikana on luokiteltu erittäin uhanalaiseksi.[5] Elinympäristöjen muutosten lisäksi metsästys on merkittävästi lintujen ahdinkoa lisäävä tekijä. Siivekkäiden hätätilassa Lintuhoitola tekee osaltaan äärimmäisen tärkeää työtä ja sen toiminnalla on kantoja elvyttävä vaikutus.

Lintuja auttamalla hoitolan toiminta tukee lajien kantojen sekä Suomen luonnon monimuotoisuuden säilymistä. Lintuhoitola pyrkii aktiivisesti myös edistämään tietoutta eri lintulajeista, niitä koskevista uhkista sekä lisäämään ymmärrystä luonnonsuojelun merkityksestä. Ulkotarhoille on yleisöllä vapaa pääsy ja täällä ihmiset voivat lintuihin tutustumisen yhteydessä oppia enemmän eri lintulajeista näistä kertovien tunnistetaulujen avulla. Henkilökunta myös mielellään kertoo vierailijoille hoitolan toiminnasta sekä lintujen suojelun tarpeesta. Tietouden edistämisessä Lintuhoitola hyödyntää myös sosiaalista mediaa.